Opravy kulturní památky, v níž najde místo 700 tisíc sbírkových předmětů, začaly již v roce 2005. Celkové náklady na rekonstrukci si vyžádaly zhruba 4,9 milionu euro (cca 120 milionů korun). Příspěvek z Norského finančního mechanismu představoval 1,6 milionů eur (cca 40 milionů korun). Zbývající část, 3,3 milionů eur (cca 80 milionů korun) pokryl z rozpočtu Olomoucký kraj, který je zřizovatelem muzea. Vítězem výběrového řízení na dodavatele díla se stalo sdružení společností EUROGEMA CZ a.s. a VCES a.s.